En gruppe forskere på Aalborg Universitet med professor MSO Mads Albertsen i spidsen har kastet al deres energi og ekspertise ind i kampen mod spredning af coronavirus. Deres våben er et laboratorium i verdensklasse og ekspertviden om analyse og identifikation af bakterier. Forskerne er sammen med Aalborg Universitetshospital, Hvidovre Hospital og Statens Serum Institut nu i fuld gang med at generere og analysere coronavirussens arvemateriale – kaldet genomer.
– Coronavirus ændrer hurtigt genetisk kode. Det gør det vanskeligt at udvikle vacciner. På den anden side betyder det, at vi gennem DNA-analyser af coronavirussens genomer kan følge, hvordan virus spreder sig, udtaler professor MSO Mads Albertsen fra Institut for Kemi og Biovidenskab på Aalborg Universitet.
Forskerne benytter sig af sekventering, der er analyse og registrering af arvemassen. Sekventeringen kan afklare, om coronavirus er introduceret flere gange i Danmark, eller om alle tilfælde kan føres tilbage til eksempelvis de danske skiturister, der blev smittet med coronavirus på ferie i Østrig eller Italien.
Mads Albertsen (foto) og kollegaen Per Halkjær Nielsen fra Aalborg Universitet (AAU) har sat Microflora Danica i bero og vil benytte laboratoriet til at sekventere virus i stedet for bakterier. Foto: AAU.
– Hvis nye genomer fra coronavirus er løbende tilgængelige for sundhedsmyndighederne og kobles med kliniske og epidemiologiske oplysninger, giver de mulighed for at identificere introduktion af virus fra udlandet og mulige smitteveje i samfundet og på hospitaler, udtaler virusforsker og professor Anders Fomsgaard fra Statens Seruminstitut.
I forhold til de generelle rutinemæssige sekventeringsanalyser, som foregår på hospitalerne, vil forskerne i projektet benytte sig af en nyere teknologi, som tillader analyse af data samtidig med, at den bliver genereret i realtid. Derfor kan svar leveres i løbet af timer i stedet for dage.
– Lokal mulighed for at sekventere prøver gør det muligt at optimere vores diagnostiske tests, således at nye virusvarianter ikke undslipper påvisning. Samtidig giver den patientnære analyse mulighed for en hurtig intervention ved smittetilfælde mellem patienter på hospitalet, udtaler overlæge Kristian Schønning fra Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Hvidovre Hospital.
Fra bakterier til virus
Forskningen i smittevejene for coronavirus tager afsæt i forskerteamets nuværende projekt ”Microflora Danica”, som har til formål at identificere alle bakterier i Danmark. De samme metoder kan modificeres til at analysere genomer fra coronavirus. Efter en kort telefonisk kontakt med Poul Due Jensens Fond (Grundfos Fonden), der støtter Microflora Danica projektet med 30 mio. kroner, gik det stærkt:
– Vi fik etableret kontakt til Hvidovre hospital, Statens Seruminstitut og Aalborg Universitetshospital. Herefter godkendte Rektor for Aalborg Universitet, at vi åbnede begrænset aktivitet i laboratoriet, og vi fik grønt lys fra fonden til midlertidigt at omdirigere alle penge og personer fra Microflora Danica projektet. Så med dags varsel havde vi et team på ti personer, der nu arbejder på fuld tid med projektet, udtaler professor MSO Mads Albertsen fra Aalborg Universitet.
Poul Due Jensens Fond har aktivt opfordret bevillingshavere til at gøre en forskel, hvor de kan, og garanterer indtil videre, at projektet kører videre for fuld kraft:
– Da det stod klart for os, hvor omfattende skadevirkningerne af corona-epidemien vil blive, skrev vi straks ud til alle vores bevillingsmodtagere og opfordrede dem til at dreje deres aktiviteter i retning af corona-bekæmpelse. Mads Albertsen og hans kolleger var allerede i gang, og det kan vi kun bakke op om, fortæller fondsdirektør Kim Nøhr Skibsted.
Internationale perspektiver
I flere andre lande er lignende konsortier enten blevet etableret eller er lige på trapperne. I sidste uge offentliggjorde UK et konsortium, hvor 20 millioner pund skal sikre analyse af så mange coronavirus-genomer som muligt. De danske genomer kommer også til at indgå i de verdensomspændende databaser for, at forskere over hele verden kan samarbejde om at forstå og bekæmpe den globale coronavirus-pandemi.
Fakta: Virus, evolution og sekventering
Når en ny virus kaster sig over menneskeheden, kan den være særdeles dødelig. Mæslinger, influenza og andre smitsomme sygdomme slog en stor del af menneskeheden ihjel i første runde. Men da levende mennesker smitter bedre end døde, har virus normalt behov for at udvikle sig i retning af mindre dødelighed for at overleve på sigt.
Den aktuelle coronavirus har fundet et smart trick – nemlig at smitte via raske smittebærere. Derfor har den ikke nødvendigvis behov for at udvikle sig i en mildere retning med mindre dødelighed.
Virus udvikler sig fra vært til vært. Det tager derfor ikke lang tid for den at gennemgå flere generationer i udvikling. Ved at følge virusspredning, smittekæder og den genetiske udvikling kan forskerne måske bidrage til, at vi kan sætte mere effektivt ind over for smittespredning.
SARS-CoV-2 genomer fra Danmark publiceres på @nextstrain og @emblebi så snart de er sekventeret. Ill: Mads Albertsen https://twitter.com/MadsAlbertsen85/status/1253552482690699264/photo/1
Processen med at analysere ændringerne i virusgenomer kaldes sekventering og består i at bestemme rækkefølgen af bogstaver i den generiske kode. Ved at sammenligne ændringer i den generiske kode mellem virus fra forskellige patienter kan der laves et stamtræ for virus.
– Sekventering er en af hjørnestenene i molekylær diagnostik og gennem dette projekt bringer vi vores erfaringer fra personlig medicin i spil til at prøve at forstå, om der er en sammenhæng mellem forskellige varianter af virus og deres påvirkning af patienterne, udtaler overlæge, Henrik Krarup, leder af Afdeling for Molekylær Diagnostik på Aalborg Universitetshospital.
